Naukowcy z University of Washington poszukują białek, które mogłyby zatrzymać infekcję koronawirusem SARS-Cov2. Część badań oddają w ręce amatorów, którzy mogą włączyć się w poszukiwania z pomocą programu o nazwie Foldit. Uczestnicy mogą w nim projektować białka o różnych właściwościach.

Naukowcy wyjaśniają, że białka składają się z aminokwasów tworzących długie łańcuchy. Zwijają się one potem w skomplikowane, trójwymiarowe kształty - ostateczną formę białek.

Twórcy Foldit wiedzą mniej więcej, jakiej cząsteczki potrzebują. Miałaby ona łączyć się z wirusowym białkiem spike, które umożliwia zarazkowi przeniknięcie przez błonę komórki.

Znalezienie odpowiedniego białka nie jest jednak łatwym zadaniem. „Liczba możliwości jest potężna” - mówi kierujący pracami prof. David Baker.

W przypadku białek złożonych z kilkuset aminokwasów, istnieją miliardy różnych kombinacji. Badacze wykorzystują więc automatyczne algorytmy, ale stworzyli też system, który pozwala na projektowanie białek ręcznie.

„Zauważyliśmy, że kreatywność oferowana przez crowdsourcing jest naprawdę przydatna - jeśli zapyta się 100 osób, jak coś zrobić, zrobią to na 100 różnych sposobów. To dla nas naprawdę cenne przy rozwiązywaniu problemów dotyczących projektowania białek” - mówi Brian Koepnick, jeden z badaczy.

Użytkownicy starają się dopasować białko do danych wymagań i konkurują z innymi osobami pod względem jego stabilności.

„Znaleźliśmy sposób, aby ludzie współpracowali z komputerami nad rozwiązaniem tego problemu, zamiast polegać tylko na możliwościach jednej strony” - podkreśla badacz. - „Odkryliśmy, że użytkownicy Foldit mogą tworzyć naprawdę zadziwiające projekty białek, które zwijają się według przewidywań. Jesteśmy bardzo podekscytowani widząc, co gracze wymyślają”.

Kilka projektów zdaniem naukowców jest obiecujących, choć nie każde białko, które sprawia dobre wrażenie na komputerze, będzie działało w organizmie.

Najlepsze projekty będą badane w laboratorium.

Dzięki podobnemu podejściu naukowcy odnieśli już sukces w pracach nad białkami hamującymi wirusa grypy.

„Ogólnie mówiąc koronawirusy wydają się mutować rzadziej, niż wirusy grypy, co sprawia, że łatwiej jest nad nimi pracować” - informuje prof. Baker. Zwraca jednak uwagę, że jego odkrycia to dopiero pierwszy, choć trzeba dodać kluczowy krok na drodze do stworzenia leku.

Jeśli chodzi o sam program, to do jego obsługi potrzeba podstawowej wiedzy i praktyki. Naukowcy podkreślają jednak, że nie trzeba być ekspertem w zakresie biologii. Liczy się przede wszystkim wytrwałość i kreatywność.

Więcej informacji na stronach:

https://www.hhmi.org/news/citizen-scientists-are-helping-researchers-design-new-drugs-to-combat-covid-19

https://fold.it/ (PAP)

mat/ zan/