Zsekwencjonowano genom norki europejskiej

Norka europejska (Mustela lutreola) to niewielki drapieżnik, który, jak wydra i bóbr, prowadzi ziemnowodny tryb życia i zamieszkuje gęsto zarośnięte brzegi rzek, strumieni i jezior - poinformował w przesłanym PAP komunikacie kierownik badań dr Jakub Skorupski z Uniwersytetu Szczecińskiego. 

Badacz opisuje, że gatunek ten był niegdyś szeroko rozprzestrzeniony na obszarze Europy, jednak w ciągu ostatnich kilku dziesięcioleci jego liczebność gwałtownie spadła do około 5 tysięcy osobników, a zasięg występowania norki drastycznie się skurczył i obejmuje dziś jedynie ok. 3 proc. pierwotnego zasięgu - izolowane populacje tego gatunku zachowały się jedynie w europejskiej części Rosji, w Delcie Dunaju oraz południowo-zachodniej Francji i północno-wschodniej Hiszpanii.

W Polsce norka europejska wymarła w połowie XX w., jednak utrzymywana jest na liście gatunków objętych ochroną całkowitą. "Norka europejska jest dziś jednym z najbardziej zagrożonych gatunków ssaków na świecie, zaklasyfikowanym jako krytycznie zagrożony przez Czerwoną Listę IUCN" - czytamy w komunikacie.

Do szybko postępującego wymierania norki europejskiej walnie przyczyniło się jej przetrzebienie, związane z pozyskiwaniem futerek, a także utrata siedlisk i ekspansja nierodzimego i inwazyjnego wizona amerykańskiego (Neogale vison), sprowadzonego do Europy w latach 20. ubiegłego wieku.

Kilka ogrodów zoologicznych, zrzeszonych w Europejskim Stowarzyszeniu Ogrodów Zoologicznych i Akwariów (EAZA), podjęło 30 lat temu program hodowli zachowawczej i reintrodukcji gatunku, prowadzonej z sukcesem na estońskiej wyspie Hiuma oraz w dwóch lokalizacjach na terenie północnych Niemiec. Lokalne projekty odtwarzania populacji prowadzone są też w Hiszpanii.

"Dla ratowania gatunków zagrożonych wyginięciem, szczególnie istotne jest poznanie ich genomu i wykorzystanie wiedzy o strukturze i kondycji genetycznej zachowanych populacji w kreowaniu skutecznych, opartych na rzetelnej diagnozie stanu faktycznego strategii ich ochrony" - czytamy w informacji przesłanej przez dr. Skorupskiego.

Dlatego też jest rozpoznanie kompletnej sekwencji nukleotydowej genomu norki europejskiej może być ważnym krokiem w ochronie tego gatunku.

Pracę tę wykonał międzynarodowy zespół naukowców pod kierownictwem Uniwersytetu Szczecińskiego (Polska). W skład zespołu wchodzi: Centrum Norki Europejskiej (Polska), stowarzyszenie Wildtier- und Artenschutzstation e.V. (Niemcy), stowarzyszenie EuroNerz e.V. (Niemcy) oraz Uniwersytet Rokefellera (USA).

Wykorzystana technologia (długich odczytów PacBio HiFi) pozwoliła uzyskać genom wielkości 2,59 Gpz (miliard par zasad), w najwyższej możliwej jakości (określanej jako standard platynowy). Dodatkowo, 99,9 proc. sekwencji genomu udało się przypisać do 20 chromosomów, a tym samym rozpoznać sekwencję nukleotydową wszystkich chromosomów gatunku.

O wysokiej jakości zsekwencjonowanego genomu jest osiągnięcie imponującego wyniku kompletności BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) na poziomie 98,2 proc.

Wyniki badań opublikowane zostały w najnowszym numerze czasopisma International "Journal of Molecular Sciences".

"Zsekwencjonowanie genomu norki europejskiej stanowi ogromne osiągnięcie w dziedzinie ochrony przyrody i biologii ewolucyjnej. Ten referencyjny genom jest trudnym do przecenienia źródłem wiedzy do przyszłych badań nad genomiką populacyjną tego zagrożonego gatunku. Ogromne znaczenie ma kontekst praktyczny, jako że zsekwencjonowany genom stanowi klucz do ochrony norki europejskiej, umożliwiający rewizję wyznaczania podlegających ochronie jednostek zarządzania, ocenę wpływu utrzymywania w niewoli (hodowla zachowawcza) na odtwarzane populacje dzikie, a także skuteczny monitoring i ocenę efektywności działań podejmowanych w celu ochrony norki europejskiej (optymalizacja wydatków i nakładów pracy)"- podsumowują przedstawiciele zespołu.

Nauka w Polsce

lt/ agt/